Η Δόμνα Ευνουχίδου γεννήθηκε στη Θεσσαλονίκη και αποφοίτησε από το Κρατικό Ωδείο με άριστα και Α’ βραβείο (τάξη Α. Κοντού). Συνέχισε τις σπουδές της στην École Normale de Musique (τάξη Ζαν Μπλανκάρ) και στο Conservatoire National Supérieur de Musique στο Παρίσι, απ’ όπου αποφοίτησε με Α’ βραβείο στο πιάνο και στη μουσική δωματίου (τάξη Aldo Ciccolini).
Επίσης, φοίτησε στη Musikhochschule του Μονάχου και εργάστηκε σε σεμινάρια και θερινές μουσικές ακαδημίες με τον Μαουρίτσιο Πολλίνι, τον Μστισλάβ Ροστροπόβιτς, τον Σέρτζιου Τσελιμπιντάκε κ.ά.
Έχει εμφανιστεί ως σολίστ με όλες τις ελληνικές ορχήστρες, καθώς και με τη Συμφωνική της Βουδαπέστης και της Κωνσταντινούπολης, τη Φιλαρμονική της Μαδρίτης, την Ορχήστρα Pro Musica της Οξφόρδης, τη Συμφωνική της Ραδιοφωνίας της Νοτιοδυτικής Γερμανίας, τη Συμφωνική του Μπάντεν-Μπάντεν, την Ορχήστρα Φιλαρμόνια του Λονδίνου κ.ά. Ως σολίστ, συμμετείχε επίσης σε πολλά φεστιβάλ στην Ελλάδα και το εξωτερικό (Αθηνών, Σύμης, Πατρών, Ηρακλείου, Δημήτρια, Αιξ αν Προβάνς, Donaueschingen, Οχρίδας, Midem-Cannes κ.ά).
Η δισκογραφία της περιλαμβάνει όλα τα έργα για πιάνο του Γιάννη Κωνσταντινίδη, καθώς και έργα του Αιμίλιου Ριάδη, του Μανώλη Καλομοίρη και του Μωρίς Ραβέλ. Έχει, ακόμα, ηχογραφήσει για το ραδιόφωνο και την τηλεόραση στην Ελλάδα και στο εξωτερικό.
Το ρεπερτόριο της πιανίστριας περιλαμβάνει 40 κοντσέρτα και μια μεγάλη επιλογή έργων για σόλο πιάνο, από τον Μπαχ μέχρι σήμερα.
Διδάσκει στο Μουσικό Κολέγιο Θεσσαλονίκης και ήταν διευθύντρια του Νομαρχιακού Ωδείου Φλώρινας από το 2007 έως το 2012. Συχνά συμμετέχει σε ελληνικές και διεθνείς επιτροπές διαγωνισμών.
Η Δόμνα Ευνουχίδου έχει παίξει αποφασιστικό ρόλο στην οργάνωση νέων μουσικών θεσμών στη Βόρεια Ελλάδα, όπως είναι η Εβδομάδα Νέων Καλλιτεχνών, η Βαλκανική Εβδομάδα Νέων Καλλιτεχνών και οι Διεθνείς Μουσικές Ημέρες, που διοργανώνει κάθε χρόνο η HELEXPO. Είναι, επίσης, ιδρυτικό μέλος του Διεθνούς Διαγωνισμού Μουσικής Δωματίου-HELEXPO της Θεσσαλονίκης. Οργάνωσε το Φεστιβάλ «Μουσική στη Σαμοθράκη» και το Φεστιβάλ «Σεμινάρια Μουσικής» στο Νυμφαίο.
Το 1998 ίδρυσε το Piandaemonium, ένα συγκρότημα δώδεκα πιανιστών σε έξι πιάνα, που ερμηνεύει, κυρίως, σύγχρονη μουσική και συνθέσεις γραμμένες ειδικά γι\’ αυτό.